Un aspecto muy importante de esta iglesia es su relación directa con el proceso de despoblación rural. El Villar de Enciso es una aldea que con el paso del tiempo ha ido perdiendo habitantes, especialmente durante el siglo XX, cuando muchas personas emigraron a ciudades. Esto ha hecho que la iglesia pase de ser un lugar con actividad constante a un templo con uso muy ocasional, lo que cambia completamente su función dentro del entorno.

A diferencia de otras iglesias más grandes, este tipo de templo tenía un uso mucho más cercano y cotidiano. El sacerdote no siempre residía en el pueblo, por lo que en muchas ocasiones dependía de visitas desde otras localidades cercanas. Esto muestra cómo funcionaba la organización religiosa en zonas rurales aisladas.

Otro elemento interesante es que la iglesia formaba parte de un conjunto más amplio de vida rural tradicional, junto con casas, corrales y caminos antiguos. Todo esto creaba un paisaje cultural donde la iglesia era el punto central, pero no estaba aislada, sino integrada en la vida diaria del pueblo.

En cuanto a su conservación, es probable que haya sufrido deterioro con el paso del tiempo, como ocurre con muchas construcciones en aldeas casi deshabitadas. La falta de uso continuo hace que estos edificios necesiten restauraciones o mantenimiento para evitar su desaparición, lo que les da un valor especial desde el punto de vista patrimonial.

También es interesante destacar que estas iglesias pequeñas suelen conservar un ambiente muy auténtico, ya que no han sido transformadas por grandes reformas modernas. Esto permite entender mejor cómo eran los espacios religiosos tradicionales, con una decoración sencilla, pocos elementos y un ambiente más íntimo.

Por último, la iglesia de El Villar de Enciso tiene valor no solo como edificio, sino como testimonio histórico de una forma de vida que casi ha desaparecido, representando la importancia que tuvo la religión en la organización de las pequeñas comunidades rurales de La Rioja.