Este retablo se comenzó a proyectar a mediados del siglo XVI, siendo una de las obras más ambiciosas de la comarca. La intervención principal corre a cargo del maestro Arnao de Bruselas, quien trabaja en la escultura y el diseño arquitectónico, junto a la colaboración de Juan de Goyaz. Arnao, una de las figuras más brillantes del Renacimiento en el valle del Ebro, dejó en esta obra su impronta de figuras monumentales y expresivas, culminando el trabajo hacia 1558. Como era habitual en la época, este conjunto vino a sustituir a estructuras góticas anteriores para adaptar la parroquia a la nueva estética y liturgia del Concilio de Trento.

Estructuralmente, el retablo de Bergasa se organiza siguiendo un esquema de traza renacentista clasicista, alejándose del formato de tríptico simple para adoptar una arquitectura de fachada imponente. Se divide en un banco o predela de gran calidad escultórica, dos cuerpos y un ático que corona el conjunto. Verticalmente se organiza en tres calles separadas por columnas de órdenes clásicos (con fustes decorados y estriados) y dos entrecalles que albergan figuras de bulto redondo.

Las escenas se distribuyen en relieves de gran profundidad dentro de cajas arquitectónicas. En el banco, se sitúan relieves con pasajes de la Pasión y los Evangelistas. El primer cuerpo está presidido por la figura del titular, San Juan Bautista, flanqueado por escenas de su vida y martirio. La calle central culmina en un espectacular ático que alberga el Calvario, enmarcado bajo un frontón que otorga unidad y verticalidad al conjunto.

A diferencia de los modelos más horizontales de otras localidades riojanas, el retablo de Bergasa destaca por su equilibrio proporcional y la clara influencia de la escultura de Miguel Ángel y el manierismo romano, traído a La Rioja por Arnao. El ciclo narrativo se centra en la vida del Precursor, combinando una lectura teológica que va desde el anuncio de su nacimiento hasta su sacrificio, rematado todo ello por la presencia del Crucificado en la cumbre, que dota al templo de una de las mejores muestras de arte sacro del siglo XVI español.