El aparato decorativo de este templo alcanzó su máximo esplendor durante el siglo XVIII, momento en el que se proyectó el actual Retablo Mayor para sustituir a las trazas renacentistas que, según los inventarios de las visitas del Obispado de siglos anteriores, ya resultaban insuficientes para la nueva estética litúrgica. A diferencia de las obras del siglo XVI, el conjunto de Bobadilla responde a la maestría de los talleres barrocos riojanos, quienes trabajaron en la obra hasta su culminación en la segunda mitad del setecientos, dotando al presbiterio de una atmósfera de gran teatralidad y riqueza.

Estructuralmente, el retablo de Bobadilla se organiza siguiendo los cánones del barroco clasicista y churrigueresco. Presenta un imponente banco con relieves, un cuerpo principal dividido en tres calles mediante columnas de orden gigante con fustes profusamente decorados (a menudo salomónicos o con tallas vegetales), y un gran ático de medio punto que se adapta perfectamente a la bóveda de la cabecera. Esta estructura busca la unidad visual, concentrando la atención en el centro del retablo.

Las escenas y tallas se disponen en grandes hornacinas. La calle central es la de mayores proporciones y alberga la imagen del titular, San Juan Bautista, cuya figura destaca por encima de las calles laterales, donde se sitúan otros santos de la devoción local. Es muy característica la decoración de los intercolumnios, donde la hojarasca y los motivos ornamentales desdibujan las líneas arquitectónicas rígidas que veíamos en los retablos del siglo XVI, creando un efecto de vibración y luz gracias al uso intensivo del dorado.

El retablo de la localidad de Bobadilla, a diferencia de la ordenación horizontal y narrativa de Alberite, apuesta por una lectura vertical y ascensional. El programa iconográfico culmina en el ático, donde suele situarse la escena del Calvario o una representación celestial, integrando todo el conjunto en un marco arquitectónico que parece fundirse con el propio edificio. Esta obra representa fielmente el cambio de mentalidad artística en La Rioja: del rigor renacentista a la exaltación emocional del barroco final.